הנהלת המתנ"ס הינה גוף המורכב מנציגי הקהילה נציגי החברה למתנ"סים ונציגי הסוכנות היהודית והינה הגוף אשר קובע את מדיניות הפעלת המרכז הקהילתי בישוב.
הנהלת המתנ"ס מתכנסת בקביעות אחת לחודש, בישיבות ההנהלה משתתפים חברי ההנהלה וכן מוזמנים נוספים בהתאם לצורך.

בהנהלה פועלות מס' ועדות:

  • ועדת הנחות
  • ועדת ביקורת
  • ועדת כספים
  • ועדת כ"א
  • ועדת תכנים